มีศัพท์เฉพาะทางธรณีวิทยาว่า เกาะหินโด่ง (Stack) การชมเกาะตะปูต้องชมในระยะไกลจากเรือ หรือจากสันดอนของเกาะเขาพิงกัน ไม่สามารถขึ้นไปบนเกาะได้ เขาตะปูู ลักษณะเป็นแท่งหินใหญ่มหึมาโดดเด่นปักอยู่ในทะเลบริเวณปากอ่าวพังงาใกล้ๆ กับเขาพิงกัน ซึ่งเมื่อมองจากระยะไกลแล้ว จะเห็นมีลักษณะคล้ายกับตะปูขนาดยักษ์ถูกตอกลึกลงไปในน้ำ อย่างไรก็ตาม

เขาตะปูเป็นภูเขาที่มีอันตรายห้ามเข้าใกล้ เนื่องจากส่วนที่จมอยู่ใต้ทะเลได้ถูกน้ำทะเลกัดเซาะ เป็นเวลานานนับล้านปี จึงสึกกร่อนและมีขนาดเล็กกว่าส่วนบน มากมายหลายเท่า จนมีความกลัวกันว่าอาจล้มลงมาในเวลาใดเวลาหนึ่งก็ได้ ทางราชการและเจ้าหน้าที่จากหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง จึงได้ห้ามนักท่องเที่ยวล่องเรือเข้าไปดูใกล้ๆ โดยเด็ดขาด เนื่องจากเกรงว่าจะได้รับอันตรายดังกล่าว แต่ยังสามรถเดินทางไปภาพสถานที่ และถ่ายรูปไว้เป็นที่ระลึกได้

ภาพยนตร์เรื่องเจมส์ บอนด์ ตอน เพชฌฆาตปืนทอง (The Man with the Golden Gun) ฉากหลังเป็นเกาะตะปูเกาะตะปูเป็นสถานที่ท่องเที่ยวที่มีชื่อเสียง จนมีภาพยนตร์ฮอลลีวูดมาถ่ายทำที่เกาะตะปูนี้ ในปีพ.ศ. 2517 ภาพยนตร์เรื่องเจมส์ บอนด์ ตอนเพชฌฆาตปืนทอง (The Man with the Golden Gun)และเกาะตาปู ยังได้รับการขนานนามอีกชื่อหนึ่งว่า "James Bond Island อีกด้วย

เกาะตะปู เป็นเขาหินปูน (Limestone) มีอายุยุคเพอร์เมียน (Permian) หรือประมาณ 295-250 ล้านปี เนื่องจากหินปูนมีคุณสมบัติสึกกร่อนจากการละลายน้ำได้ง่าย ดังนั้นเกาะต่าง ๆ ในบริเวณอ่าวพังงาจึงมีรูปร่างแปลก ๆ และมีหลายรูปแบบขึ้นอยู่กับการผุพังทำลายของเนื้อหิน

กำเนิดของเกาะตะปูมีความสัมพันธ์กับการเปลี่ยนแปลงระดับน้ำทะเลสมัยโบราณ เดิมเกาะตะปูและเกาะเขาพิงกันด้านตะวันออกมีสภาพเชื่อมต่อเป็นผืนเดียวกัน และอยู่บนผืนแผ่นดิน การเคลื่อนไหวของเปลือกโลกในเวลาต่อมา ทำให้เกิดมีรอยเลื่อนใหญ่เป็นแนวยาวพาดผ่านพื้นที่อ่าวพังงาด้านตะวันตก เรียกว่ารอยเลื่อนคลองมะรุ่ย รอยเลื่อนนี้ทำให้เกิดรอยเลื่อนย่อย ๆ ติดตามมาดังจะเห็นได้จากรอยเลื่อนที่เขาพิงกัน รอยเลื่อน รอยแตก และรอยแยกที่พบในหินปูนเกาะตะปู นอกจากนั้น รอยเลื่อนยังทำให้เกิดการหักพังของหินขึ้นในบริเวณรอยต่อระหว่างเขาตะปูและเขาพิงกันทางด้านตะวันออก ทำให้เขาตะปูแยกออกมาเป็นเขาลูกโดด แผ่นดินเขาตะปูและเขาพิงกันได้รับอิทธิพลจากน้ำทะเลที่แผ่ขยายเข้ามาท่วมในช่วงหลังสุดเมื่อประมาณ 10,000 ปีที่ผ่านมา ทำให้พื้นที่เขาพิงกัน และเขาตะปูมีสภาพเป็นเกาะ โดยบริเวณเขาตะปูเป็นหัวแหลมยื่นออกไปในทะเล ต่อมาหัวแหลมถูกคลื่นกัดเซาะและขัดเกลา จนกระทั่งมีรูปทรงเรียวและขาดออกจากตัวเขาพิงกันตะวันออกอย่างเด่นชัด มีสภาพเป็นเกาะหินโด่ง น้ำทะเลที่ขึ้นสูงสุดเมื่อประมาณ 6,000 ปีที่ผ่านมา มีระดับสูงกว่าระดับปัจจุบันประมาณ 4 เมตร

การขึ้นลงของน้ำทะเล ได้กัดเซาะเกาะตะปูให้เกิดเป็นแนวรอยน้ำเซาะหิน เว้าเข้าไปที่ระดับดังกล่าว ต่อมาน้ำทะเลลดระดับลงมาอยู่ที่ระดับความสูงประมาณ 2.5 เมตร จากระดับน้ำทะเลปัจจุบัน ระดับน้ำทะเลใหม่ได้กัดเซาะส่วนล่างของเกาะตะปูให้เกิดเป็นรอยน้ำเซาะหินแนวใหม่ คือ ระดับที่เป็นส่วนคอดกิ่วที่สุด และเป็นบริเวณที่มีสิ่งมีชีวิตเช่น หอย เพรียง เกาะอาศัยอยู่โดยรอบเมื่อได้นำซากหอยนางรมที่ติดอยู่ในแนวรอยกัดเซาะนี้ไปหาอายุโดยวิธีคาร์บอนรังสี (C14) ได้อายุประมาณ 2,620 + 50 ปี แสดงว่ารอยคอดกิ่วนี้เกิดจากการกัดเซาะของน้ำทะเลเมื่อเวลาประมาณ 2,500 ปีที่ผ่านมา หลังจากนั้นน้ำทะเลจึงลดระดับลงมาอยู่ที่ระดับปัจจุบัน ส่วนที่คอดกิ่วที่เกิดขึ้นเมื่อ 2,500 ปีที่ผ่านมานี้เอง ทำให้เกาะตะปูมีลักษณะโดดเด่นเป็นเอกลักษณ์ และเป็นแหล่งท่องเที่ยวที่มีชื่อเสียงของประเทศ

เกาะตะปูมีปัญหาการพังทลาย อันเกิดจากการกัดเซาะกัดเซาะของน้ำทะเล การขุดเจาะเนื้อหินเพื่อเป็นที่อยู่อาศัยของสัตว์จำพวกหอยนางรม เพรียง ปู ฯลฯ ความแรงของคลื่นลมในฤดูมรสุม การเปลี่ยนแปลงสภาพแวดล้อมของโลก เนื่องจากปฏิกิริยาเรือนกระจกอันอาจมีผลให้คลื่นลมเปลี่ยนความเร็ว และสุดท้ายคือการ ถูกรบกวนด้วยกิจกรรมของมนุษย์ เช่น การจอดเรือโดยการทิ้งสมอการผูกเรือไว้รอบเกาะ รวมทั้งคลื่นจากเรือหางยาวที่วิ่งรอบเกาะ